Чтобы данные из Microsoft SQL автоматически попадали в Bitrix24, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Microsoft SQL и Bitrix24 можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.