Чтобы данные из Moysklad автоматически попадали в GitLab, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Moysklad и GitLab можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.