Сценарий подключается к серверу, забирает оттуда файлы и загружает их в облачное хранилище — без скачивания на ваш компьютер.
Чтобы данные из S3 автоматически попадали в Box, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию S3 и Box можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.