Сценарий подключается к серверу, забирает оттуда файлы и загружает их в облачное хранилище — без скачивания на ваш компьютер.
Чтобы данные из S3 автоматически попадали в Nextcloud, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.