Сценарий подключается к серверу, забирает оттуда файлы и загружает их в облачное хранилище — без скачивания на ваш компьютер.
Перенос данных из S3 в vkCloudS3 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию S3 и vkCloudS3 можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.