Чтобы данные из Microsoft Excel 365 автоматически попадали в moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Microsoft Excel 365 и moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.