Сценарий просыпается по расписанию и сам удаляет записи в Moysklad. Работает само, без ручного переноса.
Чтобы данные из Ecwid автоматически попадали в Moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (Ecwid + Moysklad) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.