Чтобы записи в Freshworks CRM создавались из Invoice Ninja без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Freshworks CRM можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.