Сценарий по расписанию заходит на AWS S3, скачивает файлы и загружает их в yandexDisk, сохраняя ту же структуру папок, что и на исходном сервере.
Рутину в AWS S3 и yandexDisk берёт на себя готовый сценарий — настраивается за пару минут.
Эту интеграцию AWS S3 и yandexDisk можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.