Чтобы данные из Magento 2 автоматически попадали в moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Magento 2 и moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.