Сценарий регулярно проверяет Clockify и переносит новые задачи во второй Clockify. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Bitrix24 автоматически попадали в Clockify, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (Bitrix24 + Clockify) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.