Сценарий регулярно проверяет Flow и переносит новые задачи во второй Flow. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Bitrix24 автоматически попадали в Flow, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.