Сценарий регулярно проверяет Invoice Ninja и переносит новые задачи во второй Invoice Ninja. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Bitrix24 автоматически попадали в Invoice Ninja, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (Bitrix24 + Invoice Ninja) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.