Сценарий регулярно проверяет Harvest и переносит новые задачи во второй Harvest. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Clockify автоматически попадали в Harvest, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.