Сценарий регулярно проверяет Todoist и переносит новые задачи во второй Todoist. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Clockify автоматически попадали в Todoist, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (Clockify + Todoist) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.