Сценарий регулярно проверяет Yandex Tracker и переносит новые задачи во второй Yandex Tracker. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из Clockify в Yandex Tracker делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (Clockify + Yandex Tracker) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.