Сценарий регулярно проверяет Taiga и переносит новые задачи во второй Taiga. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из Copper в Taiga делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Copper и Taiga можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.