Сценарий регулярно проверяет GitHub и переносит новые задачи во второй GitHub. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Flow автоматически попадали в GitHub, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (Flow + GitHub) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.