Сценарий регулярно проверяет Moysklad и переносит новые задачи во второй Moysklad. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Flow автоматически попадали в Moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.