Сценарий регулярно проверяет Taiga и переносит новые задачи во второй Taiga. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Flow автоматически попадали в Taiga, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Flow и Taiga можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.