Сценарий регулярно проверяет Yandex Tracker и переносит новые задачи во второй Yandex Tracker. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Flow автоматически попадали в Yandex Tracker, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.