Сценарий регулярно проверяет Harvest и переносит новые задачи во второй Harvest. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из GitHub в Harvest делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию GitHub и Harvest можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.