Сценарий регулярно проверяет Microsoft To Do и переносит новые задачи во второй Microsoft To Do. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из GitHub в Microsoft To Do делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.