Сценарий регулярно проверяет Moysklad и переносит новые задачи во второй Moysklad. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из GitHub автоматически попадали в Moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Настроить такую автоматизацию (GitHub + Moysklad) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.