Сценарий регулярно проверяет Todoist и переносит новые задачи во второй Todoist. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из GitHub автоматически попадали в Todoist, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.