Сценарий регулярно проверяет Invoice Ninja и переносит новые задачи во второй Invoice Ninja. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из GitLab в Invoice Ninja делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (GitLab + Invoice Ninja) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.