Сценарий регулярно проверяет Yandex Tracker и переносит новые задачи во второй Yandex Tracker. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из GitLab в Yandex Tracker делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.