Сценарий по расписанию берёт новые задачи из первого Moysklad и создаёт их во втором.
Чтобы записи в Moysklad создавались из GitHub без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Эту интеграцию GitHub и Moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.