Сценарий по расписанию берёт новые задачи из одного Moysklad и создаёт их в другом. Один список дел, где вам удобно.
Чтобы записи в Moysklad создавались из Clockify без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Эту интеграцию Clockify и Moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.