Чтобы данные в Invoice Ninja и Jira Software всегда совпадали, их связывает готовый сценарий — изменения переносятся сами.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Jira Software можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.