Сценарий регулярно проверяет Invoice Ninja и переносит новые задачи во второй Invoice Ninja. Списки совпадают, ничего не теряется.
Чтобы данные из Harvest автоматически попадали в Invoice Ninja, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.