Сценарий регулярно проверяет Taiga и переносит новые задачи во второй Taiga. Списки совпадают, ничего не теряется.
Перенос данных из Moysklad в Taiga делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (Moysklad + Taiga) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.