Сценарий по расписанию берёт новые задачи из первого Moysklad и создаёт их во втором.
Чтобы записи в Moysklad создавались из Invoice Ninja без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Настроить такую автоматизацию (Invoice Ninja + Moysklad) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.